Du hattest ganz einfach Pech auf den falschen Beamten gefallen zu sein. Manche wollen Ihre Arbeit nur zu gut machen. Einreisebedenken haben tatsächlich nichts mit Ausweisung zu tun, auch wenn das Resultat fast das gleiche ist. "Zurückweisung" wegen Bedenken ist eine einmalige Sache weil sie von einem Beamten entschieden wird und nicht von einem Gericht. Logischerweise müsste auch das SIS (Schengener InformationsSystem) von solchen Einträgen frei sein.
Es ist schwierig auf Europäischen Websites informationen zu finden, aber schau mal hier:
http://www.prestur.com.br/site/home/esp ... hengen.asp
Heisst also kurz, dass nicht EU Ausländer nicht nur einen Pass, sondern auch auf Verlangen auch eine Versicherung, Aufthaltsortsbescheinigung, genügend Geldmittel und Rückflug vorweisen müssen. Leider können das die wenigsten Brasilianer.
Also nächstes Mal temporäre Krankenversicherung bei zB. der DKV abschliessen (ist auch in deinem Interesse wenn Madame krank wird), ihr einen Hunderter hinschicken für unterwegs, und eine Visakarte anfragen (ein Limit von 200R$ genügt ja schon), villeicht noch eine Deklaration schreiben dass sie bei dir wohnen kann.
Wenn dir dass zu viel ist versuchs über Paris, die Franzosen haben nicht die gleiche Arbeitsmoral wie die Deutschen
Eine etwas schwierigere und teuerere Möglichkeit wäre sie über ein nicht-EU Land einreisen zu lassen. Der BGS kann sie nämlich nur nach Hause zurückschicken (mit der Airline mit der sie gekommen ist), und nicht in zB. die USA (wo sie mit Transitvisa ja auch nicht mehr einreisen könnte)

Hier noch ein kleiner Nachtrag, bez. Richtigstellung am Beispiel der Deutschen Botschaft in Moskau:
http://www.moskau.diplo.de/Vertretung/m ... enken.html
Einreisebedenken werden also entgegen meiner Logik doch eingetragen (unbefristet), und wenn ich den 2.Teil richtig verstanden habe MUSS der Eintrag im Ausländerzentralregister auch im SIS eingetragen werden.
Sieht also ganz danach aus als hättest du noch ein bisschen mit Bürokraten zu kämpfen...

Ja sieht so aus als müsste dieser Eintrag erst raus.
So ein "Grüner" sagte mir allerdings, Sie könnte es jederzeit wieder versuchen.
Ist auch die Frage ob jeder Grenzer den Brasi-Pass auf den Scanner legt.
Wenn die nur reinschauen, werden die im neuen Pass keinen Eintrag mehr finden!

Wie gesagt ich würde es bei den Franzosen versuchen. Einige von meinen Bekannten haben in Paris nicht einmal einen Einreisestempel in den Pass bekommen. Eine Freundin hatte sogar noch ein Problem damit, weil sie in Brasilien beweisen musste dass sie während den Wahlen hier in Europa war (tílulo eleitoral und so).
Wenn dann auch noch die Begründung dieser "Bedenken" im Computer steht wird der Franzose sie sowiso schon aus Prinzip einreisen lassen (nur um es anders als die Deutschen zu machen).