Es ist richtig. Als Tourist darfst du innerhalb von 6 Monaten nur 90 Tage in Deutschland sein. Wenn man sich nicht daran hält, kann es gut gehen, es kann aber auch schief gehen.
Jedenfalls wenn er über Lissabon einreisen sollte, wird es Probleme geben. Dort wird alles exakt kontrolliert. Wenn die 3 Monate Wartezeit noch nicht abgelaufen sind, wird er nicht einreisen dürfen und mit der nächsten Maschine wieder nach Brasilien geschickt.
In Frankfurt (Direktflug aus Brasilien via SP oder Rio) sind die Kontrollen nicht so scharf, das ist jedenfalls meine Erfahrung. Aber dass in den Pass geschaut wird und der letzte Ausreisestempel gesucht wird, kann immer passieren. Auch dann würde dein Freund zurück geschickt werden.
Keinesfalls sollte er sich aber in D länger als 3 Monate aufhalten. Falls das bei der Ausreise auffällt (der Zöllner muss sich ja nur den Einreisestempel anschauen), hat das normalerweise ein 2-jähriges Einreiseverbot zur Folge.
Er soll sich in Bras einen neuen Reisepass besorgen (wenn er den alten verloren hat

), was normalerweisse keine grossen Schwierigkeiten macht. Dann kann er problemlos einreisen, sofern er nicht in der "Schengener Datei" ist. Dort werden die Personen aufgenommen, die Einreiseverbote haben.
Grüsse
Falax